1/ Pôle scientifique, documentation et formation : l'Observatoire propose des expertises, des études, des recherches approfondies sur les fondamentalismes religieux, des formations à des publics spécialisés, des conférences grand public etc. Il dispose d'un conseil scientifique et d'expertise constitués d'experts indépendants.

2/ Pôle vigilance et médiation : l'Observatoire a un rôle de lanceur d'alertes et de médiation. Il organise des espaces de réflexion et de débats entre enseignants, éducateurs, femmes et hommes politiques, religieux, juristes académiques, et de façon générale toute personne confrontée à des expressions religieuses fondamentalistes. L'Observatoire est non partisan, ouvert à toutes les sensibilités politiques démocratiques. Sur ses pages FB et Tweeter, des membres de l'Observatoire proposent et modèrent des chroniques et réactions à l'actualité  (+ d'informations).

3/ Pôle accompagnement social : l'Observatoire propose également un accompagnement social et un accompagnement juridique destinés aux personnes en difficultés dans leur famille et leur entourage au regard de la liberté d'expression, la liberté de conscience, l'égalité femme homme, les discriminations relatives à l'identité de genre et à l'orientation sexuelle, discriminations / fracture numérique.

Les activités et projets de l'Observatoire 

• la réalisation de recherches, d'études sur les fondamentalismes religieux et la constitution d'un fond documentaire ;
• la tenue d'une permanence citoyenne ;
• l'organisation de "cafés citoyens" dans les quartiers de Bruxelles, de rencontres, colloques, journées d'études et d'événements grand public ;
• l'élaboration d'outils pédagogiques destinés à la prévention des phénomènes extrémistes, de quelques religions qu'ils proviennent ;
• la formation ou l'intervention dans des actions de formation programmées par des organismes extérieurs ;
• l'offre de prestations d'études et de services découlant des activités précitées, etc.
• le soutien aux personnes en difficulté au regard de la liberté d'expression et de conscience